Koronavirüs Spike Proteinindeki Şeker Moleküllerinin Enfeksiyondaki Etkisi
COVID-19 pandemi sürecinin şiddetlenmesi ile beraber araştırmacıların hastalığa sebep olan, anjiyotensin-dönüştürücü enzim2′ nin insan hücrelerine girişine izin veren koronavirüsü engellemek için yaptıkları çalışmalar da arttı. Şimdi, ACS Central Science’ta rapor veren araştırmacılar, bu süreçte glikanların – proteinleri süsleyebilen şeker molekülleri – aşılar ve tedaviler için hedefler öneren aktif bir rolünü ortaya çıkardılar.
COVID-19 spike proteini, insan hücresindeki ACE2 ile etkileşime girmeden önce ACE2 ile etkileşime giren proteinin parçası olan reseptörün bağlanma alanını ortaya çıkarmak için sekil değiştirir. Spike proteinde de diğer viral proteinler gibi protein yüzeyinde kalın bir glikan tabaka bulundurur, bu tabaka viral proteinlerin belirli bölgelerinde bulunur ve proteinlerin konakçı bağışıklık sisteminden korunmasına yardımcı olur. Rommie Amaro ve Kaliforniya Üniversitesi, Maynooth Üniversitesi ve Teksas Üniversitesi’nden meslektaşları, COVID-19 spike proteinindeki bazı glikanların enfeksiyona sebep olan süreçte aktif rol alıp almadığını merak ettiler.
Bunu bulmak için, vibral membranda bulunan spike proteinin moleküler dinamik simulasyonlarını oluşturmak için yapısal ve glikomik verilerini kullandılar. Spike glikoproteindeki her atomun detaylı bir görüntüsünü sunan bilgisayar modelleri, belirli bölgelerde (N165 VE N234) spike proteine bağlı olan N-glikanlarin reseptöre bağlanma alanını açığa çıkaran form değişikliğini stabilize etmeye etmeye yardımcı olduğunu gösterdi.
Simülasyonlar sayesinde glikanlar tarafından kaplanmayan ve bu sebeple özellikle form değişikliğinden sonra antikorlara karşı savunmasız olabilecek spike proteinin bölgeleri belirlendi. Araştırmacılar, biyokatman interferometresi kullanan laboratuvar deneylerinde, spike proteinin artık N165 VE N234’te glikan içermeyecek şekilde mutasyona uğratılmasının ACE2’ye bağlanmayı azalttığını gösterdi, bu sonuçların pandemi süreci ile savaşmada yeni stratejilerin temelini oluşturduğu belirtildi.
Kaynak : scitechdaily.com
