Hyperchem ile Molekül Modelleme-1
Merhaba İnovatif Kimya Dergisi Okuyucuları,
Her sayımızda kimya ile ilgili bir program anlatmaya ve sizleri bilgilendirmeye devam ediyorum. Bu sayımızda da güzel bir program ile karşınızdayım. Anlatacağım program molekül modelleme üzerine bir program ve programımızın ismi HyperChem’dir. Programı örnek üzerinden anlatarak açıklayacağım. Birkaç yazı dizisi halinde anlatmayı düşünüyorum.
Molekül modelleme programcıları, kimya bilimi ile uğraşan insanlar için oldukça yararlı olmuştur. Bilgisayar ortamında 3 boyutlu halde çizilmesi ve bunların görülmesi ile bu yapıların geometrileri ve izomerik yapıları belirlenebilir ayrıca enerjileri tayin edilebilir, IR, UV, NMR spektrumları çizilebilir.
Programın genel şekli Resim 1 de görülmekte.
Resim 1 : Programın genel şekli
Programımız Resim 1’deki şekilde açılıyor ve şekildeki gibi 3 boyutlu modellemeler yaparak moleküller üstünde görsellik sağlıyoruz. Biz bu programı kullanarak C3H8 yapısını oluşturacağız. Sizler daha karmaşık yapılar üzerinde çalışabilirsiniz. Resim 1’deki gibi programı açtıktan sonra ilk yapacağımız işlem Build menüsüne tıklayarak Resim 2’deki gördüğünüz isimlere bir kere tıklayarak seçim işlemini yapmanız.
Resim 2 : Build menüsü altında tıklanacak alanlar.
Resim 2’deki yerlere tıklandıktan sonra şimdi çizeceğimiz yapı için element seçmeye geldik. Bu işlem içinde Build kısmına tıkladıktan sonra Default Element kısmına tıklamanız. Bu işlemi yaptıktan sonra karşınıza şöyle bir şey gelecek. Resim 3’te görmektesiniz.
Resim 3 : Build menüsü altındaki Default Element Kısmı.
Periyodik tabloya benzeyen şekildeki ifadeyi gördünüz. Şimdi burada kullanmak istediğimiz yapıyı seçmek için çift tıklıyoruz. Biz karbonu seçtiğimiz için karbona çift tıklayacağız. Bu işlemi yaptıktan sonra tekrardan ilk açıldığı andaki gibi siyah bir ekran göreceksiniz. Buradan sonraki aşama yapıyı çizmeye kalıyor. Biz Propan çizeceğimiz için üç tane karbon koyup bunları birbirine birleştirmemiz lazım. Bir sefer ekrana tıkladıktan sonra yuvarlak bir ifade çıkacak Resim 4’te görmektesiniz.
Resim 4 : İlk ekrana tıklama sonrası oluşan şekil.
Bu şekilde çok uzaklaşmadan şeklin yanına bir daha tıklayın ve bir daha tıklayın. Böyle üç yuvarlak gördükten sonra birinin üstün basıp diğerinin üstüne sürükleyeceğiz. Bu şekilde işlemi başarı ile tamamlayınca 2 tane düz çizgi olması lazım. Eğer yanlış bir çizim yaparsanız mausenuzun sağ tuşuyla silmek istediğiniz şeyin üstüne tıklayın. Bu şekilde silme işlemini gerçekleştirebilirsiniz. Eğer ikili ya da üçlü bağ çizmek istiyorsanız oluşan tek çizgi üzerinde mausenin sol tuşuna tıklayarak ikili, üçlü bağlar arasında geçiş yapabilirsiniz. Resim 5’te propan çiziminin son halini görmektesiniz.
Resim 5 : Çizdiğimiz propan molekülünün son şekli.
Resim 5 ifadesini elde ettikten sonra sıradaki işimiz bu ifadenin açılmış halini elde etmeye geldi. Şimdi bunu yapmak için Build menüsüne tıklayıp sonrasında ise Add H & Model Build kısmına tıklayalım. Bu işlemi yaptıktan sonraki halini Resim 6’da görmektesiniz.
Resim 6 : Add H & Model Build kısmına tıkladıktan sonraki şekli.
Tek boyutlu görünümü elde ettiğimize göre şimdi geldik 3 boyutlu görünümü elde etmeye. Bu görünümü elde etmek için ilk olarak Display menüsüne girilir. Bu kısımdan Rendering kısmı seçilir. Karşımıza 6 seçenek çıkacak biz buradan Balls and Cylinders kısmını seçeceğiz. Resim 7’da bunun nasıl yapıldığını görmektesiniz.
Resim 7 : Balls and Cylinders kısmını seçmek.
Resim 7 işlemi bittikten sonra tamam tuşuna tıklayıp 3 boyutlu halini görüyoruz. Resim 8’de 3 boyutlu propan molekümüzü görmektesiniz.
Resim 8 : 3 boyutlu propan molekülümüz.
Resim 8’deki kısım bittikten sonra çevirme döndürme işlemleri için ise Resim 9’daki kısımlar kullanılır.
Resim 9 : 3 boyutlu şeklimizi çevirmek için kullanacağımız kısımlar.
Burada bu ikonlara tıklandıktan sonra molekül üzerine tıklayıp gerekli çevirme, döndürme, taşıma işlemlerini gerçekleştirebiliriz ayrıca çizdikten sonra birçok değişik formatta kaydedebilmemiz mümkün.
Bu yazıda sizlere programın genel hatlarını anlatarak nasıl çizim yapılacağını göstermeye çalıştım. Programın web sitesi : http://www.hyper.com/Download/tabid/357/Default.aspx burasıdır. Siteye üye olup indirmeniz mümkün. 10 gün gibi bir kısıtlama süresi mevcut. Umarım yararlı bir yazı olmuştur. Selam ve sevgiler.
Kaynaklar
- http://www.hyper.com/Download/tabid/357/Default.aspx
- http://w3.gazi.edu.tr/~nkaracan/inorglab/mm.pdf
Yazar : Yavuz Selim KART
Üniversite : Cumhuriyet Üniversitesi
Bölüm : Kimya Mühendisi
Dergi : Sayı 16– Sayfa 25
