ChemSketch Programı

Merhaba İnovatif Kimya Dergisi okuyucuları,

Bu ay sizlere ChemSketch programını anlatarak bilgilendirmeye çalışacağım. Geçen 3 sayı boyunca HyperChem programından bahsettim. Bu ay anlatacağım programda HyperChem programına benzer bir programdır. Bu programın da size faydalar getireceğini umarak anlatıma başlıyorum.

İlk olarak bu program nedir ne işe yarıyor kısaca açıklayalım. Program ACD Firması tarafından 1994 yılında piyasaya sunulmuştur. Mazisi eski bir programdır. Program ile organik, organometalik, polimer ve Markush yapıları olmak üzere hemen her türde yapıyı çizebiliyoruz. Programı açınca şu şekilde bir ekran karşımıza çıkıyor (Resim 1)

Resim 1 : ChemSketch programı genel görünümü

Program ile yapabileceklerimize gelince

• Yapıları iki boyutlu olarak çizme, üç boyutlu hale dönüştürme ve istenen açıda çevirme,
• Tepkimeler, tepkime şemaları ve reaktif miktarlarını görüntüleme,
• InChi ve SMILES dizgelerinden yapı oluşturma,
• 50 atom ve 3 halka yapısına kadar olan bileşikler için IUPAC’ın önerdiği isimlendirmeyi oluşturma,
• Tek yapılar için logP değerlerini hesaplama,
• 165.000 geleneksel, sistematik ve ticari isimli yapılar içinden arama yaptırma,
• Uzaysal dizilimleri daha iyi görüntülemek için iki veya üç boyutlu olarak molekülü gösterme,
• Aynı anda profesyonel raporlar üretme ve yapılarla, metinlerle ve grafiklerle çalışma

gibi birçok şey yapabiliriz.

Resim 2 : ChemSketch ile çizilmiş yapılar

Peki, program ile yapılarımızı nasıl çizeceğiz. Bunu Resim 3 kısmında anlatarak devam edeceğim.

Resim 3 : Programın çizim kısımları

Resim 3’te programımızın genel hatlarını görmektesiniz. Sağ, sol ve üst panelde çizeceğimiz yapıya göre kısımlar bulunmakta ve bu kısımlara tıklayarak çizim işlemlerini gerçekleştiriyoruz. Birçok yapıyı, seçim işlemleri yaparak burada çizmemiz mümkün. Sol tık ile seçtiğiniz kısmı ekran alanına bir kere tıklayıp, yapıyı çiziyorsunuz. Aynı yapıdan birden çok çizmeyi düşünüyorsanız program size bu konuda yardımcı oluyor. Tek tık ile aynı yapıdan sürekli çizebilirsiniz. Misal, bir benzen halkası seçtiniz diyelim. Bir kere seçtikten sonra bu kısmı bir daha seçme gereği duymadan, sol tık ile ekrana tıklayarak istediğimiz kadar benzen halkası çizebiliriz. Bunları ayrı ayrı yerlerde ekleyebileceğiniz gibi birbirine bağ yapmış şekilde de ekleyebiliriz.

Resim 4 : Program ile çizilmiş yapı

Resim 4’te benzen halkalarını görmektesiniz. Kırmızı daire ile alınmış kısımları bu program ile çok rahatlıkla çizebiliyoruz.

Program ile yapabileceğimiz çizimlere genel başlıklar halinde bakarsak

1-) Sübstitüent ekleme

2-) Periyodik tablodan element ekleme

3-) Simgesel element ekleme

4-) R grupları ekleme

5-) Stereokimyasal bağ ekleme

6-) Zincir çizim ekleme

7-) Radikal Tablosunu kullanarak ekleme

gibi birçok yapıyı rahatlıkla çizebiliriz.

Başka neler çizebiliriz?

Resim 5 : Program ile çizebileceğimiz diğer şeyler

Resim 5’te yeşil olan kısma tıklayarak Draw moduna geçiyoruz ve kırmızı kutu içindeki kısımları buradan çiziyoruz. Çizimde neler kullanacaksanız ona göre eklemeler yapabilirsiniz.

Program sadece bunlardan mı ibaret? Tabi ki değil. Programda PubChem, ChemSpider ve eMolecules araçları bulunmakta. Chemical Abstracts kayıt numarasını (CAS RN) kullanarak erime ve kaynama noktalarını, zehirliliğini, hangi kimya firmaları tarafından satıldığını öğrenebilirsiniz. PubChem çok ayrıntılı bilgiler verirken eMolecules maddenin yapısını, molekül ağırlığını ve sağlayan firmaların isimleri ile katalog numaralarını bildirmektedir. ChemSpider ise İngiliz Kimya Cemiyetinin (RSC) ürünü olup PubChem’e yakın bilgiler vermektedir. Size tavsiyemiz, bir arama motorunda ilgilendiğiniz sonucu bulamazsanız diğer motorlarda şansınızı deneyin ve özellikle CAS RN elde edilmişse Science Finder gibi güçlü literatür arama motorlarını kullanarak çok sayıda bilgi elde edebilirsiniz.

ChemSketch programında çizilmiş bir şekli Microsoft Word veya OpenOffice/LibreOffice programlarına aktarabilirsiniz. Aktarma işlemlerini dikkatli ve çizimlerinizi kaydederek yapın ki emekleriniz boşa çıkmasın. Programın burada anlatamadığım daha birçok özelliği mevcut.

Programı nasıl temin edebileceğimize gelince http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/ sitesine girip indiriyoruz. Başka sitelerden indirmeye kalkmayın, çünkü çok fazla virüs içeren indirme linki mevcut.

Bir sonraki yazıda görüşmek dileğiyle.

Kaynaklar

• http://barbarosakkurt.weebly.com/uploads/2/6/1/7/26173528/seminer.pdf

 

Yazar : Yavuz Selim KART

Üniversite : Cumhuriyet Üniversitesi

Bölüm : Kimya Mühendisi

Dergi : Sayı 19– Sayfa 23