Hyperchem ile Molekül Modelleme-3
Merhaba İnovatif Kimya Dergisi Okuyucuları,
Ocak 2015 sayımızda Hyperchem molekül modelleme programı üzerinden giderek yazı dizimizi sonlandıracağız. Bundan önceki iki sayımızda bu konu hakkında bilgilendirme yapmıştık. Bu yazıyı okumadan önce kasım ve aralık 2014 sayılarını okumanızı öneriyoruz.
Kısaca hatırlayacak olursak Hyperchem programı ile molekül çizmiştik sonrasında ise bağ açısı ve bağ uzunluğunu ölçtük ve en son olarak single point enerjisini hesapladık.
Bu yazıda ise geometri optimizasyonu ve enerji hesabı işlemlerini yapacağız. İşlemlerimize başlamadan önce hangi yapı üzerinden gittiğimizi belirtmekte yarar var. Burada propan molekülü üzerinden giderek işlemleri halledeceğiz. Daha önce çizmiş olduğumuz molekülü Resim 1’deki şekilde görmektesiniz.
Resim 1 : Propan molekülümüz
Bu yapıyı oluşturmadı iseniz ilk bu yapıyı oluşturunuz. Sonrasında sırayla aşağıdaki işlemleri yapacağız. İlk olarak Setup menüsünden sırası ile Semi-empirical, PM3 ve OK tıklanır. Böylece hesaplama yöntemi tespit edilmiş olur. Bu işlemi yapınca Resim 2’deki şekli göreceksiniz.
Resim 2 : Propan molekü için hesaplama biçimi seçimi
Bu işlemi yaptıktan sonra Compute menüsünden sırasıyla Geometry Optimization, Polack-Ribiere , OK tıklanır. Hesaplama bittiğinde alt menü çubuğunda Conv=YES ifadesi görülür. Conv=NO ise aynı işlem YES elde edilinceye kadar tekrarlanır. Alt menü çubuğundaki E bağ enerjisini gösterir. Açılan ekran Resim 3’ deki gibi olmalı.
Resim 3: Propan molekülü için işlem süreci
Bu işlemi yaptıktan sonra programın en alt kısmına bakarız. Resim 4’deki gibi bir ifade göreceksiniz. Eğer No gibi bir ifade görürseniz üstteki aşamayı tekrar edeceksiniz.
Resim 4: Propan molekülü için enerji hesabı
Son olarak Compute menüsünden properties tıklanır, buradan toplam enerji (total energy) ve dipol moment elde edilir. Sonra details tıklanır, buradan oluşum entalpisi (heat of formation) elde edilir. İşlemin sonucunu Resim 5’de görmektesiniz.
Resim 5: Propan molekülü için properties kısmının ayrıntılı görünümü
Programda anlatacaklarım bu kadar. Serinin son yazısında programın çok kullanabileceğiniz bir kısmından bahsettiğimi düşünüyorum. Bu şekilde bilmediğiniz ya da bilgisine ulaşamadığınız yapıları çizip, gerekli bilgileri elde edebilirsiniz. Keyifle ve ilgiyle okumanızı diler, bir sonraki yazı dizisinde görüşmek dileğiyle.
Kaynaklar
- http://www.hyper.com/Download/tabid/357/Default.aspx
- http://w3.gazi.edu.tr/~nkaracan/inorglab/mm.pdf
Yazar : Yavuz Selim KART
Üniversite : Cumhuriyet Üniversitesi
Bölüm : Kimya Mühendisi
Dergi : Sayı 18– Sayfa 25
