RNA’nın Keşfedilen Yapısı
Fotoğraf : Yeni bir çalışma ribo nükleik asit moleküllerinin yapısını etkili biçimde tahmin etmeye yarayan yenilikçi bir model, uygulama ve araştırma için ise ilginç fırsatlar geliştirdi.
RNA ya da ribo nükleik asit sadece mesaj molekülü olarak genetik bilgi taşıma görevini, protein sentezi için çekirdekten sitoplazmaya taşımakla kalmaz biyolojik işlemlerde de temel rol oynar ve ayrıca mühim seviyede önemli hücresel mekanizmalarında ana karakterdirler. Bütün bunlardan dolayı yapıları kritik rol oynar. Yapıları nükleotidler olarak bilinen özel birimlerin dizilişine bağlı olarak her RNA molekülü farklı ve karakteristik özelliklere sahiptir. SISSA’ da Profesör Giovanni Bussi önderliğindeki bir araştırma ekibi nükleotid dizilerinden başlayan RNA iplik yapısının üç boyutlu yapısını etkili biçimde tahmin etmeye yarayan bilgisayarlaştırılmış bir simülasyon modeli geliştirdi. Sadece “Nucleic Acid Research” dergisinde yayınlanan bu SISSA araştırmasının baş yazarı Simon Poblete’dir. Bu çalışma, araştırma ve uygulama alanında dikkate değer bir etki vadediyor.
“RNA yapısı onun birçok fonksiyonları için elzem bir faktördür.” Diye açıkladı Giovanni Bussi. “RNA yapılarının deneysel olarak belirlenmesi birkaç yıl alabilir, bu nedenle yapısını öngörmek için yöntem geliştirme konusuna büyük ilgi vardır. Tahmini modeller bugüne kadar çift heliks oluşturan RNA parçalarının incelenmesine yoğunlaşmıştı. Bununla birlikte RNA ipliği, DNA için Watson-Crick’in çift sarmal modeli tarafından öngörülenlerden farklı olan ‘doğal olmayan’ etkileşimler tarafından yönetilen spesifik ve karmaşık konformasyonları olabilir.”
Bussi “Şu anki simülasyon modelleri çok iyi çalışıyor. Bu modeller bir diziden başlayarak, çeşitli olası yapıları daha önceden tahmin edebilme yeteneğine sahiptirler. Sorun şu ki hangisinin gerçek yapı olduğunu sistem söyleyemiyor. RNA’nın basitleştirilmiş bir temsilini kullanan ve doğal olmayan etkileşimleri öngörmek için tasarlanan modelimiz bu konuda çok etkili olduğunu kanıtladı.” Diye açıklamada bulundu. Modelin kalitesini, araştırmacılar üç boyutlu yapısının bilindiği RNA moleküllerinin yapısını tek başına sekansın bilgisinden öngörerek kanıtladılar. Giovanni Bussi “Tahminlerimizi bilinen yapılarla karşılaştırdığımızda, yaklaşımımızın gerçekten işlediğini anladık.” Açıklamasında bulundu.
Bu RNA’nın yapısı ve fonksiyonu arasındaki ilişkiyi aydınlatabilir. Bussi “RNA, pratik etkileri açısından özellikle ilginçtir. Bir kere RNA molekülü tespit edildiğinde, istenilen birçok molekül hızlı ve düşük maliyetli kopyalama işlemi vasıtasıyla orijinali ile aynı olacak şekilde elde edilebilir. Örneğin özel yapısından dolayı önemli terapötik etkilere sahip organizmada, hassas işlemleri tetikleyebilen RNA molekülünü bulabilseydik bu gerçekten duyulmamış olasılıkların ortaya çıkmasına neden olabilirdi.”
Kaynak : phys.org
