Hyperchem ile Molekül Modelleme-2
Merhaba İnovatif Kimya Dergisi Okuyucuları,
2014 yılı boyunca sizlere kimya ile ilgili bilgisayar programları anlatmaya gayret ettim. Bu senenin son sayısında kasım ayında anlatmış olduğum program üzerinden giderek bilgi vermeye çalışacağım. Bu sayıda anlatılanları iyi anlamak için lütfen öncelikle kasım sayısını okuyunuz.
Kasım ayı sayısında sizlere Hyperchem ile Molekül Modelleme programını kullanarak, 3 boyutlu bir modelleme nasıl yapılır bunu anlatmıştım. Bu yazıda kaldığım yerden devam edeceğim. Önceki sayılarımızı okumayanlar için özet geçmek gerekirse programımız, 3 boyutlu modelleme yapmamızı sağlar.
Bu sayıda programımız ile çizdiğimiz bir molekülün, molekül yapısına ait Bağ Açısını, Bağ Uzunluğunu, Single Point enerjisini hesaplayacağız. Geçen sayıda anlatmış olduğumuz propan molekülü üzerinden gideceğiz. Sizler başka moleküller ile deneyebilirsiniz.
Daha önce çizmiş olduğumuz molekülü Resim 1’deki şekilde görmektesiniz.
Resim 1 : Propan molekülümüz
Bu şekil ya da başka şekil üzerinden gitmeniz mümkün lakin bu şekil üzerinden giderek işlem yaparsanız öğrenmeniz kolaylaşır. Şekilde olan yapıyı çizdiyseniz şimdi geldi bu yapının Bağ Açısı, Bağ Uzunluğu ve Single Point enerjisini bulmaya. İlk olarak Resim 2’de olan Select kısmına tıklıyoruz.
Resim 2 : Seçim işlemi için tıklanacak kısım
Bu kısma tıkladıktan sonra molekül üzerinde seçim yapabiliyoruz. Şimdi karbon ile karbon arasındaki bağı seçtiğimiz zaman Resim 3’deki şekilde bunu göreceksiniz. Sol tık ile seçim işlemi yapıyoruz. Sağ tık ile seçilen atomun seçim işlemini kaldırıyoruz.
Resim 3 : Seçim işlemi yapılan karbon bağları
Burada Resim 3’deki işlemi yaptık çünkü bu iki bağ arasındaki uzunluğu bulacağız. Bu seçim işlemini yaptıysanız sol alt kısımda şöyle bir yazı göreceksiniz. Bond distance from : 1.54 Å olarak yazıyor. Resim 4’deki şekilde bunu görmektesiniz.
Resim 4 : Seçim işlemi yapılan karbon bağları arasındaki bağ uzunluğu
Şimdi gelelim iki atom arasındaki açıyı bulmaya. Yine seçim aracımızı elimize alıyoruz ve bu sefer hidrojen atomuna tıklıyoruz. Tıklama işlemi bitince Resim 5’deki şekilde bunu göreceksiniz.
Resim 5 : Seçilen karbon atomuna hidrojen atomunu da seçerek dahil etme işlemi
Bu işlem bitince tekrar sol alt tarafa bakıyoruz. Şu şekilde bir yazı göreceksiniz. Angle of atoms : 109.471 ˚ olarak yazıyor. Resim 6’da bu şekli görmektesiniz.
Resim 6 : Seçim işlemi yapılan karbon ve hidrojen atomları arasındaki açı
Son olarak Single point enerjisini bulmaya geldi. Bunun için ilk önce üst menüden Compute menüsüne tıklayıp oradan Single Point seçeneğine tıklıyoruz. Ve çıkan sonucu yine sol alt taraftan görüyoruz. Resim 7’deki şekilde bunu görebilirsiniz.
Resim 7 : Single Point Enerjisi
Bu programda bu ay anlatacağım şeyler bu kadar. Serinin 2. yazısını okuduğunuz için çok teşekkürler. Bir sonraki yazı dizisinde bu programın başka özelliklerini de anlatıp yazı dizisini sonlandıracağım. Keyifle ve ilgiyle okumanızı diler, bir sonraki yazı dizisinde görüşmek dileğiyle.
Kaynaklar
- http://www.hyper.com/Download/tabid/357/Default.aspx
- http://w3.gazi.edu.tr/~nkaracan/inorglab/mm.pdf
Yazar : Yavuz Selim KART
Üniversite : Cumhuriyet Üniversitesi
Bölüm : Kimya Mühendisi
Dergi : Sayı 17– Sayfa 28
