Genom Varyasyonu Koronavirüs Yayılımı Hakkında Fikir Verir
Fotoğraf: Bu transmisyon elektron mikroskobu görüntüsü, ABD’deki bir hastadan izole edilen COVID-19’a neden olan 2019-nCoV olarak da bilinen SARS-CoV-2’yi göstermektedir. Virüs partikülleri, laboratuvarda kültürlenen hücrelerin yüzeyinden ortaya çıkar. Virüs parçacıklarının dış kenarındaki sivri koronavirüslere adını taç benzeri verir.
Kaliforniya Üniversitesi Davis’teki araştırmacılara göre SARS-CoV-2 dünyaya yayıldıkça, iletim hızı genomundaki değişimlerle birlikte değişti. Virüs genomunun gözetimi, kamu otoritelerinin enfeksiyonun artmasıyla ilgili alanları hedeflemesine yardımcı olabilir.
UC Davis Veteriner Fakültesi’nde nüfus sağlığı ve üreme profesörü Bart Weimer, “Yapmaya çalıştığımız şey, virüsteki genomik varyasyonun enfektivitedeki değişiklikleri öngörüp öngörmediğini tespit etmektir.” dedi. Çalışmayı açıklayan bir ön baskı çevrimiçi olarak mevcuttur ve makale yayına gönderilmiştir.
Weimer ve yüksek lisans öğrencisi DJ Darwin R. Bandoy, çoğunlukla 1 Mart 2020’den önce Asya’daki salgınlardan kaynaklanan 150 SARS-CoV-2 türleri genomlarını ve bu salgınlar için epidemiyoloji ve iletim bilgilerini analiz etti. Salgınları aşamaya göre sınıflandırdılar: endeks (salgın yok), başlangıç, üstel büyüme ve azalma. Bir virüsün bulaşma kolaylığı, R değeri veya üreme sayısı ile ayarlanır; burada R, enfekte olmuş her bir kişinin neden olduğu ortalama yeni enfeksiyon sayısıdır.
Tüm bu bilgileri patojen genom kimliği için GENI adlı bir metrikte birleştirdiler.
Weimer, sadece 15 geni olmasına rağmen, SARS-CoV-2 dünyaya yayıldıkça sürekli değişiyor. Bu değişikliklerin çoğu çok az fark yaratır, ancak bazen virüs az çok bulaşabilir hale gelir. Örneğin, 1 Mart itibariyle R’nin tahminleri Çin’de 2’den azdan İtalya’da 8’e kadar değişmiştir.
GENI skorlarının bir salgın evresi ile karşılaştırılması, genetik varyasyondaki bir artışın, örneğin Şubat ayı sonlarında Güney Kore’de vakalarda hemen üstel büyümeden önce geldiğini gösterdi. Bununla birlikte Singapur’da varyasyon patlamaları, halk sağlığı otoritelerinin hızla kontrol altına alabildiği daha küçük salgınlarla ilişkilendirildi.
Ekip, şu anda mevcut olan daha geniş bir 2000 SARS-CoV-2 genomu seti ile daha derin bir analiz yapmayı planlıyor.
Genomik ve epidemiyolojik bilgileri bu şekilde birleştirmek, yetkililerin COVID-19 vakalarında hızlı bir artışın nerede gerçekleştiğini daha iyi tahmin etmesine izin verebilir.
Kaynak: phys.org
