Grand Canonical Monte Carlo ile Bromodomain Bağlama Ceplerinde Su Stabilitesinin Ölçekli Analizi

Bromomainmain su şebekesinin yapısı ve bu çalışmada ele alınan proteinlerdir.

Korumalı  su molekülleri ilaç tasarımında ilgi çekmektedir, çünkü bu suların yer değiştirmesi daha yüksek afinite ligandlarına yol açabilmektedir ve bazı durumlarda seçiciliğe de  katkıda bulunmaktadır. Gen transkripsiyonunun epigenetik düzenlemesine katılan küçük protein  alanları olan Bromodomainler, bağlanma ceplerinde dört korunmuş su moleküllerinden oluşan bir ağ gösterir ve son zamanlarda yoğun tıbbi kimya çabalarının odağı olmuştur. Bazı bromodomainlerin yer değiştirebilir su moleküllerine neden sahip olduğunu ve diğerlerinin bu kadar kolay kolay değiştirilebilir su moleküllerine sahip olamamalarını anlamak ve belirli bir bromodomain içindeki su moleküllerinin hangisinin yer değiştirmeyi hedefleyebileceği belirsizdir. Burada, toplam atom büyük kanonik Monte Carlo simülasyonları kullanılarak bağlanmayan serbest enerji hesaplamaları yoluyla 35 bromodomain içindeki korunmuş su moleküllerinin stabilitesini tahmin ediyoruz. Mevcut deneysel kanıtlarla yapılan cesaretsel anlaşmanın teşvik edilmesi bulunur. Bu nedenle farklı bromodomainlerde beklenen su deplasmanının kolaylığını ve ligand seçiciliği üzerindeki etkileri tartışıyoruz.

Bir Bromodomain kırmızı küreler olarak vurgulanan korunmuş su molekülleri ile katlanır. Korunan dört su sahası W1 – W4 olarak adlandırılır ve ağ topolojisi içindeki yerleri yakınlaştırılan panelde gösterilir. b) Çalışmada ele alınan 35 bromodomainin yeşil renkle vurgulandığı insan bromodomain ailesinin filogenetik ağacı.

Kaynak : nature.com