Nöronları Takip Etmek için Bir Turbo Motor
Bir fare nöronu, UltraTracer tarafından yeniden oluşturuldu.
Eski bir arabaya turbo motor takmak ona tamamen yeni bir hayat verir – aniden daha da hızlı gidebilir. Aynı düşünce, nöron bilimine de uygulanmaktadır, sadece mevcut olan nöron izleme algoritmalarında kullanılabilen, büyük, fakat muazzam veri setlerini işleme yeteneğini artıracak bir yazılım sarmalayıcı ile uygulanmaktadır. UltraTracer adı verilen sargı, bu ay Doğa Yöntemleri’nde vurgulanmaktadır .
Allen Enstitüsü Beyin Bilimi Araştırma Enstitüsü’nde araştırmacı olarak görev yapan Hanchuan Peng, “Nöron biçimlerinin çeşitliliğini ortaya çıkarmaya çalışırken, ölçek büyük ve giderek büyük bir sorun haline geliyor” diyor. “Onların neye benzediğini anlamak için onbinlerce nöron şekli karşılaştırabilmemiz ve bu bilgiyi tek tek hücre türlerini ayrıştırmak için kullanmamız gerekiyor” ”
Peng ve ekibi, dünyadaki bilim adamları tarafından tasarlanmış mevcut nöron izleme algoritmaları ile çalışmak ve daha hızlı ve daha geniş veri kümeleri ile çalışmak için onları turbo şarj etmek için UltraTracer’i tasarladı. Makalede, UltraTracer’i on farklı taban izleyici ve aynı zamanda farklı insanlar tarafından geliştirilen BigNeuron girişiminde (bigneuron.org) bulunan diğer baz izleyicilerine ve üç boyutlu görüntü yığınlarıdaki nöronların şekillerini otomatik olarak algılamak için çeşitli teknikler kullandıklarını açıklıyorlar.
Ekip, UltraTracer’in varolan yazılımı süper şarj etme yeteneğini sergiledi Allen Hücre Türleri Veritabanı’nı biyolojik bir referans olarak kullanarak, yazılım ilk önce nöronların nasıl görünmesi gerektiğini öğrendi.UltraTracer daha sonra mevcut algoritmaları daha büyük veri setlerini işlemek için daha verimli hale getirdi ve her izleyicinin güçlü yönlerinden en iyi şekilde yararlanan organik bir şekilde birkaç farklı algoritmayı birleştirdi.
“UltraTracer ile zaten var olan nöron izleme algoritmalarına yeni bir hayat yaşıyoruz,” diyor Peng. “Artık bu algoritmaların çok büyük ölçeklerde ne kadar iyi çalıştığını test edebilir ve daha iyi çalışmalarını sağlayabiliriz, bu beyindeki hücre tipleri ile ilgili temel soruları ele almamızda önemli bir adım olacaktır.”
Kaynak : sciencedaily.com
