Özel Tasarım Protein Sentezini Kolaylaştıran Yeni Bir Yapı

Özel Tasarım Protein Sentezini Kolaylaştıran Yeni Bir YapıSan Francisco, California Üniversitesi’nden bir grup araştırmacı, özel tasarım protein işlemini kolaylaştıran yeni bir protein yapısı geliştirmişlerdir. Science dergisinde yayımlanan yazılarında Nicholas Polizzi ve William DeGrado, keşfettikleri yapısal birimi ve bu yapıyı nasıl kullandıklarını açıklamışlardır. Birmingham Üniversitesi’nden Anna Peacock ise derginin aynı sayısında çalışmanın özeti niteliğinde bir yazı yazmıştır.

Kimyacılar çoğu zaman, bazı uygulamalar için kullanılacak olan özel tasarım proteinlere ihtiyaç duymaktadırlar. Araştırmacıların belirttiği gibi bu işlem çok zor bir hâle dönüşebilmektedir. Genellikle hatırı sayılır ölçüde deneme yanılma işlemi gerektirir ve bu sebep ile işlem yüksek maliyetlere ulaşır. Gerçekleşen yeni çalışmada, araştırmacılar bu tür projelere yardımcı olabilmek adına yeni bir protein yapısı birimi tasarlamışlardır. Bu yapıyı van der Mer yapısı olarak adlandırmışlardır ve ligand grubun işlevselliğini peptit kalıntı zincirine direkt olarak bağlamak için nasıl kullanılabileceğini açıklamaktadırlar.

Araştırmadaki yeni yapının ortaya çıkartılması için Protein Veri Bankası’ndaki binlerce protein yapısı analiz edilmiştir. Bu yaklaşım ile araştırmacılar, amino asit kalıntısı için yan zincirlerin konumlandırılmasını göz ardı ederek artıklar ile bağ yapan kimyasal gruplara odaklanmayı amaçlamışlardır. Kullanılan metot ile apixaban adlı bir ilacı tanımlamak adına kullanılabilecek iki yeni protein tasarlayabilmişlerdir. Metot sadece altı sekanslama içermekte idi. Keşiften önce, böyle bir süreç tipik olarak çok daha fazla çaba gerektirmekte idi.

Yeni yapının adı, van der Waals’ın çekim kuvvetlerini konformasyon izomerleri ile – amino asitlerin alabileceği türden yan zincir biçimleri – birleştirilmesi ile meydana gelmiştir. Keşfedilen yapı, amino asit zincirlenin, onlarla etkileşimde bulunan Protein Veri Bankası’ndaki kimyasalların konumlarına eşleyerek çalışmaktadır. Araştırmacılar, veri bankasının içeriğinin izin verdiği ölçüde uygulamanın gerçekleşebileceğini belirtmektedirler. Ayrıca, tekniğin ve yapının küçük moleküllere ya da proteinlere dayalı uygulama araçları üretmek için de kullanılabileceğini belirtmektedirler.

Makaleyi görüntülemek için “Tanımlanmış bir yapısal birim, küçük moleküllü bağlayıcı proteinlerin de-novo tasarımına olanak tanır” buraya tıklayın.

Kaynak: phys.org

573 Kez Okundu

Tolgahan Özer

14 Şubat 1997 tarihinde Çanakkale’nin Gelibolu ilçesinde doğdu. 2015 yılında ortaöğretimini tamamladı ve aynı yıl Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde İngilizce eğitim görmeye hak kazandı. 2016 – 2017 yılları arasında Tema Vakfı'nda çeşitli faaliyetlerde bulundu ve Çanakkale bölgesinde yaklaşık 4000 fidanı ve binlerce meşe palamudunu toprak ile buluşturmaya ön ayak oldu. Sürmekte olan lisans eğitimi içerisinde ikinci üniversite olarak Anadolu Üniversitesi, Web Tasarımı ve Kodlama bölümünü tercih etti. 2018 yılının eğitim döneminde üniversitede bulunan Araştırma ve Uygulama Hastanesinin Tıbbi Genetik Laboratuvarında kısmi zamanlı olarak çalışmaya başladı. Moleküler sitogenetik, kanser araştırma ve gıda bilimi ve teknolojileri araştırma laboratuvarlarının yanı sıra analitik kimya laboratuvarında da staj gördü. Kimyaya olan ilgisini ve bilgisini artırmak, yabancı dilini daha kaliteli bir seviyeye taşımak adına, Ocak 2019’da, gönüllü olarak İnovatif Kimya Dergisi ekibine katıldı.

You may also like...

WP Twitter Auto Publish Powered By : XYZScripts.com
Kopyalamak Yasaktır!