SARS-CoV-2 Uç Proteinlerindeki Glikanlar Enfeksiyonda Aktif Rol Alacak
Fotoğraf : Viral kılıf ( alttaki renkli çiftkatman ) üzerine çapa atmış olan SARS-CoV-2 uç proteinlerini ( açık mavi ) kaplayan glikanlar ( koyu mavi ).
COVİD-19 pandemisi devam ederken,araştırmacılar bu hastalığın ortaya çıkmasından sorumlu olan SARS-CoV-2’yi engellemeye yönelik aşılar ve terapiler geliştirmek için fazla mesai yaparak çalışıyorlar.
Birçok çalışma, insan hücreleri üzerindeki viral girişe izin veren anjiyotensin-dönüştürücü enzim 2(ACE-2)’ ye bağlanan koronavirüs uç proteinleri üzerine odaklanmış durumdadır. Şimdilerde, ACS Central Science’ta araştırmacıların bildirdiği üzere proteinleri donatan şeker molekülleri olan bu süreçte aşılar ve terapiler için hedef gösterilen glikanların aktif bir rol aldığı ortaya çıktı.
SARS-CoV-2 uç proteinleri bir insan hücresi üzerindeki ACE2 ile etkileşime geçmeden önce, ACE2 ile etkileşecek protein bölgesi olan reseptör bağlama bölgesini ( RBD ) ortaya çıkarmak için şekil değiştirir. Tıpkı çoğu virüs proteini gibi, SARS-CoV-2 uç proteinleri de yüzeyinde kalın bir glikan tabakası barındırır. Özel bölgelere bağlı olan bu glikanlar, viral proteinleri konak canlının bağışıklık sisteminden korumaya yardımcı olur. San Diego, Californya Üniversitesi, Maynooth Üniversitesi ( İrlanda ) ve Austin’deki Teksas Üniversitesinden Rommie Amaro ve arkadaşları, SARS-CoV-2 uç proteinlerindeki belli glikanların aynı zamanda enfeksiyona neden olan süreçte aktif rol alıp almadığını merak ettiler.
Araştırmacılar, bunu öğrenmek adına viral membran içerisinde gömülü SARS-CoV-2 uç proteinlerinin moleküler dinamik simülasyonlarını oluşturmak için yapısal ve glikomik veriler kullandılar. Uç glikoproteinlerdeki her bir atomun anlık detaylı bir görüntüsünü sunan bilgisayar modelleri, belli bölgelerde ( N165 ve N234 ) uç proteinlerine bağlı N-glikanların, enfeksiyonu artırmada etkisi olan reseptör bağlama bölgesini ( RBD ) açığa çıkaran şekil değişikliğini stabilize etmeye yardımcı olduğunu ortaya koydu. Bu simülasyonlar aynı zamanda uç proteinlerin glikanlarla kaplı olmayan ve bu yüzden özellikle şekil değişikliğinden sonra antikorlara karşı savunmasız olan kısımlarını da tanımlamıştır.
Biyo-tabaka interferometri kullanılan laboratuar deneylerinde ekip, uç proteininin artık N165 ve N234’te glikan içermeyecek şekilde mutasyona uğratılmasının ACE2’ye bağlanmayı azalttığını gösterdi.
Araştırmacılar,bu sonuçların pandemi tehdidiyle savaşmak için yeni stratejilere zemin hazırlayacağını söyledi.
Kaynak : phys.org
