Araştırmacılar Arabica Kahvesinin Genomlarının Dizilimini Keşfettiler
Kaliforniya Üniversitesi tarafından yürütülen uluslar arası bir araştırma ekibinin genetikçileri, Arabica kahvesinin (Coffea arabica) alenen ilk ortak genom dizilimini yayımladılar.
2014’te Fransız Araştırma ve Geliştirme Enstitüsü’nden Dr. Philippe Lashermes önderliğindeki araştırmacılar, bilimsel olarak Coffea canephora (eş. Coffea robusta) olarak bilinen Robusta kahvesinin yüksek kalitedeki taslak genomunu ortaya çıkardılar.
Bununla birlikte, yüksek kalite ve genetik açıdan daha karmaşık Coffea arabica için kamuya açık bir genom dizilimi bulunmamaktadır.
‘’Coffea arabica’nın yeni genom dizilimi, önümüzdeki otuz yılın küresel kahve üretimini tehdit etmesi beklenen iklim değişikliklerine adapte olan yüksek kalitede hastalığa dirençli kahve çeşitlerinin geliştirilmesiyle ilgili çok önemli bilgi içerir.’’ diye açıklıyor Kaliforniya Üniversitesi’nden yardımcı yazar Dr. Juan Medrano.
‘’Coffea arabica diziliminin, kahve yapraklarına paslanmaya neden olan hastalıklar nedeniyle geçim kaynakları tehlike altındaki kahve çiftçilerinden kahve makinesi ve dünyadaki tüketicilere kadar, kahve ile ilgilenen herkesin faydalanacağını umuyoruz.’’
Spesifik olarak genom, Geisha adındaki olağanüstü çeşitlilikten dizilmiştir.
Araştırmacılar ‘’Geisha çeşitliliği, Geisha şehri yakınındaki batı Etiyopya illeri Maji ve Goldija dağları kaynaklıdır, ve kendine has aromatik nitelikleriyle bilinen bir seçimdir.’’ açıklamasını yapmışlardır.
‘’Kahve geleneksel olarak dünya çapında ekvator enleminde 25 derecenin altında, asitli toprakların spesifik büyüme koşulları, yüksek sıcaklık ve nem altında yetişmiştir.’’ diyorlar.
‘’Geçtiğimiz altı yılda, Geisha, başka bir plantasyonun 19 derece kuzey enleminde Santa Barbara-Kaliforniya yakınında başarıyla yetişmiştir.’’
Dr. Medrano ve meslektaşları farklı dokulardan ve gelişim evresindeki 23 Geisha kahve ağacının genetik materyalleri – DNA ve RNA örneklerini – toplamıştır.
‘’Bu çeşitlilikten DNA ve transkriptomları örnekledik ve dizdik.’’ dediler.
‘’Farklı dokulardan ve gelişim evrelerinden RNA örnekleri toplandı ve ab initio yöntemleriyle kombinasyon halinde gen modeli tahmini geliştirmek için dizildi.’’
Ekip Geisha’nın 1.19 milyar taban çiftinden oluşan ve insan genomunun yaklaşık üçte birinde bir genom bulunduğunu tahmin etti.
Çalışma, genom diziliminde kullanılan son teknolojilerin ve genom düzeneğinin kombinasyonunu, 70.830 tahmini geni açığa çıkartarak kullanmıştır.
İleriye dönük olarak, yazarlar kahve kalitesiyle ilişkili olan moleküler yollara ve gen kimliğinin belirlenmesine, bunların Geisha kahvesinin tat profillerini daha iyi anlamayı sağlaması umuduyla, konsantre olacaklar.
Dizilimin detayları 15 Ocak 2017’de San Diego-Kaliforniya’daki PAG (Plant and Animal Genome) XXV Konferansı’nda sunuldu.
Kaynak : sci-news.com
